水產低溫冷庫對衛生的要求相當苛刻，衛生達不到要求會給用戶造成不必要的損失，要對冷庫環境衛生及設施進行清理。
一、環境衛生
1、水產低溫冷庫、冷藏庫的功能與加工能力相適應
2、冷庫溫度的要求設備配備合理的制冷設備，保持冷藏庫庫內溫度在-18℃以下，冷庫內晝夜溫差不要超過1℃，速凍庫溫度-30℃以下。
3、水產低溫冷庫庫房應使用光滑、防腐、不生銹、易清洗消毒的材料建成。
4、水產低溫冷庫應配備清潔、消毒用具，保證冷庫的衛生。
5、水產低溫冷庫設計時就要配備溫度計和自動溫度記錄裝置。
6、要保持水產低溫冷庫庫內沒異味、沒污垢，庫內干凈整潔，布局也要合理。
7、儲存冷凍水產品的存儲庫必須是水產品專用冷庫，不得與其他產品混用。
二、冷庫及設施衛生
1、水產低溫冷庫每天都要清掃，保持庫內清潔、無異味、無污垢、無毒菌、無鼠害。
2、水產低溫冷庫的搬運工具每天都要用消毒液進行消毒。
3、水產低溫冷庫庫房的墻面、地面、頂棚和門都要保持無冰、霜、水，做到及時清除。冷庫內、掃霜，提高制冷效果。排管和冷風機要及時沖霜。
